上期教會人物檔案〈台灣改革宗教會的奠基者：甘治士牧師〉一文引起某些質疑，難道台灣教會不是從1865年馬雅各醫生所設立的「台灣基督長老教會」開始的嗎？在此作簡單的說明。
台灣基督長老教會名稱的來源
1865年馬雅各醫生所設立的教會名稱不叫「長老教會」，而是「耶穌聖教」，南北都是一樣。「台灣基督長老教會」的名稱是在1913年第二屆的「台灣大會」決議後才出現。現在有一些老教會還保留有「耶穌聖教」的匾額，例如艋舺教會、新店教會（剩下半塊）。
※ 改革宗教會和長老教會的加爾文主義根源
17世紀的荷蘭改革宗教會與約翰‧諾克斯在蘇格蘭所設立的長老教會，都是淵源自加爾文在日內瓦所創立的教會。教會體制上，蘇格蘭的長老教會和荷蘭的改革宗教會都是採取相同的制度，亦即小會（consistory）、中會（Classis 或Presbytery）和大會（Synod）的制度，而在這三級的制度當中，權力的中心都是在中會。所以不管是長老教會和改革宗教會牧師的考核都是在中會中進行。
在神學上，儘管荷蘭改革宗教會是採用〈比利時信仰告白〉以及〈海德堡教理問答〉，而長老教會是採用〈韋斯敏斯德信仰告白〉和〈韋斯敏斯德大、小教理問答〉，但是兩教會在神學上的差異，並非大到成為兩個截然不同的教派。因為在1874年出版《世界的長老教會》（The Presbyterian Church Throughout the World）中，也將荷蘭改革宗教會列入「長老教會」的成員之一。
19世紀末，當甘為霖牧師決定要對原住民進行宣教工作，卻發現英國長老教會在人事和經費上需要其他教派協助之時，他第一個想到的教派就是荷蘭的改革宗教會，因為該教會17世紀的宣教師對台灣原住民宣教成功的事蹟，是眾所周知之事。而英國長老教會的教士會會議記錄中也曾經通過，與荷蘭改革宗教會合作，尋求對台灣原住民進行宣教的可能性。雖然這個決議後來沒有得到充分的實行，但是對英國長老教會的宣教師來說，長老教會和改革宗教會的差異並沒有任何宣教合作上的困擾。
※ 關於「台灣改革宗教會」的名稱
儘管19世紀的英國或加拿大長老教會以台灣作為其宣教區，但是在教會名稱上並沒有延續其母國的稱呼，取名為「英國長老教會OO耶穌聖教」或「加拿大自由教會OO耶穌聖教」。就算是「台灣基督長老教會台灣大會」的名稱也遲至1913年才出現，在此之前所使用的「耶穌聖教」名稱是個本土化的名字，這應該是個大家都可以接受的說法。
以同樣的原則來看，就目前所遺留的文獻和史料所知，荷蘭改革宗教會在稱呼本地的教會之時是以「福爾摩沙教會」或「福爾摩沙改革宗教會」（Kerken van Formosa or Gereformeerde Kerk op Formosa）來稱呼。而非「荷蘭改革宗教會福爾摩沙教會」，所以以〈台灣改革宗教教會的創建者─甘治士牧師〉作為文題是恰當的。
除此之外，以「台灣改革宗教會」來稱呼我國在17世紀成立的教會尚有以下幾點重要的意義。目前為止，一般人對於台灣教會歷史的看法，咸認為是個斷裂的歷史，那就是17世紀荷蘭改革宗教會來到台灣創建一個殖民地的教會。
鄭成功侵台將荷蘭人趕走，基督教會也隨之消失，而台灣教會歷史首段歷史至此斷絕；19世紀中葉，馬雅各醫生和杜嘉德牧師受英國長老教會派遣來到台灣，開啟台灣教會第二階段的歷史。於是，馬雅各就成為開啟福音來台的先鋒。
假如我們接受先前所提，改革宗教會和長老教會都是源自加爾文在日內瓦的宗教改革，那麼不論是17世紀或19世紀的宣教，都可以放在「加爾文主義」向外擴張的脈絡中來討論，那麼，台灣教會的歷史並不是斷裂的歷史。
17世紀荷蘭改革宗教會來台建立起台灣改革宗教會，鄭成功攻台趕走荷蘭人之後，原本繁茂的教會受到政治變遷的影響而轉入地下，1715年來台測繪地圖的天主教神父馮秉正（De Maila）曾經和部分自稱是基督徒的原住民接觸，過程收錄在他的報告書中。
19世紀英國長老教會的宣教師在漢人區域宣教受到排擠，最後在台南山邊的原住民部落中設立到現在仍然信徒人數頗多的教會。同樣的，19世紀的加拿大宣教師馬偕在和平島附近傳福音之時，也有些平埔族人告訴馬偕，他所傳的福音是他們祖先的宗教信仰。
所以，從整體的角度來看台灣教會歷史時，台灣教會的時間縱深可以追溯到17世紀。而17世紀中教會轉入地下到19世紀英國長老教會來台之前，我們可以以「隱藏的時期」來稱呼。儘管不再有宣教師或聖經教導的栽培，17世紀教會信徒如何告誡後代不要忘記自己基督徒的身份，以致於信仰內涵逐漸遺忘而被漢人的觀念取代，這是一個值得探討追索的感人時期，也是信仰完全本土化的時期。
台灣不是特例，日本在鎖國前後大量殺害天主教徒，迫使天主教會轉入地下，200多年當中不再接觸任何的天主教宣教師。天主教的信仰記憶逐漸消失，但是《沈默》一書的作者遠藤周作認為，儘管異教的元素取代原先天主教的信仰，但是這段歷史卻也是日本天主教史不可割捨的一段，我想同樣的看法也適用於台灣。
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